EU støtter samarbejde på tværs af Femern Bælt. Via INTERREG IVa programmet er der bl.a. givet tilskud til projektet "Regional Management - Femern Bælt Region", der skal fremme kommunikation og integration på tværs af bæltet samt "Ready for Femern Belt 2012 / BeltTrade", der skal forberede Femern Bælt Regionens virksomheder til at deltage i Femern byggeriet.
Fonden Femern Belt Development er projektpartner i IBU-Øresund med det formål at koordinere udviklingstanker og -tiltag i henholdsvis Øresunds- og Femern Bælt Regionen.